Sliv rijeke Bojane sastoji se od pritoka, delte i priobalnih područja, kao i susjednog dijela jadranske obale i uskog pojasa obale. Kompleks sliva Bojane zaštićen je kroz nekoliko nacionalnih i međunarodnih mehanizama zaštite prirode. Šasko jezero (prekogranično sa rezervatom Velipoje u Albaniji) i Ulcinjska solana identifikovani su kao važna područja za ptice (IBA), Ulcinjska solana je nedavno proglašena zaštićenom u kategoriji Park prirode, a ostrvo Ada Bojana, Ulcinjska solana voda i Šasko jezero navedeni su kao EMERALD lokaliteti. Na albanskoj strani jezero Shkodra i rijeka Buna kao dio sliva Bojane označeni su kao Ramsar sajt, a Velipoje kao prirodni rezervat.
Međutim, postojeći sistem zaštićenih područja u slivu rijeke Bojane i prepoznatljivost kao Ključnu oblast biodiverziteta (KBA) nije reprezentativan, odnosno nije uspostavljen na način da obuhvati sve vrijedne ekosisteme, a blagovremeno postizanje ciljeva utvrđenih proglašenjem zaštićenih područja je nedovoljno. Područje se ne smatra međusobno povezanim ekosistemom, što ostavlja mjesto uskraćivanju suštinske dinamike njegovog ekosistema, ključnih ekoloških atributa, kapaciteta otpornosti i usluga ekosistema. Dostupnost i prezentacija podataka je takođe slaba, na šta su ukazivale prethodne studije (Schneider-Jacoby et al., 2006). U kombinaciji sa nedovoljnim ljudskim resursima, ovi nedostaci dovode do toga da javna uprava ne reaguje pravilno na postojeće pritiske. Kao posledica, i pored visokih prirodnih vrijednosti, sliv Bojane je značajno ugrožen neodrživim, neplaniranim i nelegalnim aktivnostima, zagađenjem čvrstim otpadom i otpadnim vodama, lošom i propadajućom poljoprivredom, nedostatkom kontrolisanih i dobro planiranih ulaganja u infrastrukturu i rastom turizma, kao i nedostatakom integrisanog upravljanja i zajedničkih vrijednosti za udruženo planiranje.
U EnvPro vjerujemo da je za stvaranje „potpuno funkcionalne saradnje“, neophodne za potkrepljivanje uspješnih zaštićenih područja i planiranje i upravljanje održivim razvojem, potrebno mnogo vremena i napora da se podrška i svijest onih koji žive najbliže resursima podigne na veći nivo, što će dovesti do boljeg očuvanja.
Da bi se pozabavili ovim pitanjima, od juna 2020. EnvPro sprovodi jednogodišnji mali projekat pod nazivom “Stvaranje uslova za zajedničku zaštitu odozdo prema gore i planiranje održivog razvoja“, finansiran od strane Fonda za partnerstvo za kritične ekosisteme (CEPF). Projekat je fokusiran na crnogorsku stranu sliva, iako radi ka uspostavljanju modela prekogranične saradnje. Glavni projektni partner je Centar za ekoniku i upravljanje ekosistemima sa Univerziteta Ebersvalde, koji će primeniti MARISCO metodologiju - Adaptivno upravljanje ranjivošću i rizikom na lokacijama za očuvanje, razvijenu u Centru. Ovim projektom EnvPro ima za cilj podizanje znanja i svijesti o ekosistemu rijeke Bojane, što rezultira unaprijeđenjem strateški planirane zaštite i održivog korišćenja resursa životne sredine u slivu Bojane.